Licencias médicas de trabajadores: qué debe hacer el empleador (guía 2026)
Cuando un trabajador presenta una licencia médica, el empleador tiene un rol operativo concreto y con plazos legales estrictos. Un error en esta gestión no solo perjudica al colaborador —que puede ver retrasado el pago de su subsidio—, sino que expone a la empresa a sanciones de la Dirección del Trabajo y a asumir costos que no le correspondían. Esta guía resume el proceso completo.
Qué es y quién paga la licencia médica
La licencia médica da derecho a un subsidio por incapacidad laboral que reemplaza la remuneración mientras el trabajador está con reposo. Ese subsidio no lo paga la empresa: lo paga la Isapre (si el trabajador está afiliado a una) o, en el caso de Fonasa, la Caja de Compensación (si la empresa está afiliada) o la COMPIN. El monto equivale al promedio de la remuneración mensual neta de los tres meses anteriores al inicio de la licencia, dividido en treintavos por cada día de reposo.
Los plazos que debe cumplir el empleador
| Paso | Plazo | Responsable |
|---|---|---|
| Presentar la licencia al empleador | 2 días hábiles desde el inicio del reposo (sector privado) | Trabajador |
| Remitir la licencia a la entidad pagadora (Isapre / CCAF / COMPIN) | 3 días hábiles desde que se recibió | Empleador / encargado de personas |
| Pago del subsidio al trabajador | Con la misma periodicidad que la remuneración, máximo un mes | Isapre / CCAF / COMPIN |
| Cobrar el subsidio si no se ha pagado | 6 meses desde el término de la licencia | Trabajador |
Si el empleador no remite la licencia dentro de los 3 días hábiles, la entidad pagadora puede recuperar de la empresa las sumas que deba pagar por el atraso. Eso convierte la gestión oportuna de licencias en control de riesgo financiero para el negocio, no en un simple trámite.
Las cotizaciones no se detienen durante la licencia
Aunque la empresa no paga la remuneración durante el reposo, sí debe seguir enterando las cotizaciones previsionales y de salud del trabajador, calculadas sobre la última remuneración imponible del mes anterior al inicio de la licencia (o la renta pactada en el contrato). El plazo es dentro de los primeros 10 días del mes siguiente a la autorización de la licencia. Es uno de los puntos que más se pasa por alto — y suele aparecer después como advertencia en el archivo de Previred del mes siguiente.
Qué puede rechazar o modificar una licencia
La Isapre, Fonasa o la COMPIN pueden rechazar, reducir o ampliar el período de una licencia por razones médicas, jurídicas o administrativas: falta la firma del profesional o del trabajador, o la licencia se presentó fuera de plazo sin causa justificada. El empleador debe informar oportunamente al trabajador de cualquier rechazo, porque el trabajador tiene derecho a apelar ante la propia entidad y, en última instancia, ante la Superintendencia de Seguridad Social (SUSESO).
Checklist operativo para el empleador
- Registrar la fecha exacta en que el trabajador entregó la licencia (no la fecha de inicio del reposo).
- Remitir la licencia a la entidad pagadora dentro de los 3 días hábiles siguientes.
- Registrar el movimiento de personal antes de generar el archivo de Previred del mes.
- Verificar que las cotizaciones se sigan pagando sobre la base correcta (renta imponible del mes anterior).
- Guardar copia de la licencia y del comprobante de envío, como respaldo ante una fiscalización.
Los plazos descritos corresponden a la normativa general de licencias de origen común (SUSESO, Isapres, Fonasa, CCAF). Las licencias por accidente del trabajo o enfermedad profesional (Ley N° 16.744) siguen un procedimiento distinto, a través de la mutualidad de empleadores.
Preguntas frecuentes
¿La empresa paga el sueldo del trabajador con licencia?
No. Durante el reposo la remuneración se reemplaza por un subsidio que paga la Isapre, la Caja de Compensación o la COMPIN, según el caso. Lo que sí debe seguir pagando la empresa son las cotizaciones previsionales y de salud del trabajador.
¿Qué pasa si el empleador envía la licencia fuera de los 3 días hábiles?
La entidad pagadora puede cobrar a la empresa, como empleador, las sumas que deba pagar por el atraso. El trabajador no debe verse perjudicado por la demora del empleador — el costo lo asume la empresa.
¿Cómo se calcula el subsidio que recibe el trabajador?
Como regla general, es el promedio de la remuneración mensual neta de los tres meses anteriores al inicio de la licencia, dividido en treintavos por cada día de reposo autorizado.
¿Qué hacer si la Isapre o la COMPIN rechaza la licencia?
Informar de inmediato al trabajador y entregarle la resolución. Él puede apelar ante la misma entidad y, en última instancia, ante la SUSESO. El empleador debe guardar el respaldo de cada comunicación.
¿Una licencia por accidente del trabajo sigue el mismo proceso?
No. Los accidentes del trabajo y enfermedades profesionales se rigen por la Ley 16.744 y se tramitan a través de la mutualidad de empleadores, con formularios y plazos propios (DIAT). No se envían a la Isapre ni a la CCAF.
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Agendar una reuniónWhatsAppEste artículo es orientativo y no constituye asesoría legal ni laboral. Verifique siempre la normativa vigente para su caso concreto.